L'infezione da HIV può restare per lunghi anni clinicamente silente; tuttavia, mano a mano che le difese immuni cadono, si presentano nel soggetto infettato numerose infezioni e/o tumori. Alcune di queste infezioni, denominate opportuniste (infezioni, cioè, causate da germi che in una persona immunocompetente non danno malattia e che, invece, sfruttano la situazione di immunodeficienza del soggetto per farlo ammalare) e determinati tumori fanno porre la diagnosi di AIDS. Evidentemente esse sono la spia di una grave compromissione immunitaria. Le infezioni che si manifestano, possono colpire qualunque organo. Le più comuni infezioni a carico del Sistema Nervoso Centrale sono:
- la Toxoplasmosi cerebrale
- la meningite o meningoencefalite da Criptococco
- da Citomegalovirus
- da micobatteri atipici
- da Mycobacterium tuberculosis
- da Herpes virus 1 e 2 (HSV1, HSV2)
- da Virus Varicella Zoster (VZV)
- la leucoencefalite multifocale progressiva, provocata da un PAPOVA virus, il Polioma-virus JC
- l'AIDS Dementia Complex (ADC) di cui è responsabile direttamente il virus HIV

Tra i tumori che possono colpire il S. N. C., il più importante è il linfoma cerebrale primitivo. Vi è poi un coinvolgimento anche del sistema nervoso periferico con numerose manifestazioni cliniche. Assai frequenti, ed avvertite come molto fastidiose dal paziente, sono le neuropatie periferiche, sia di tipo sensitivo che motorio, a carico di uno o più nervi. L'apparato respiratorio è pesantemente coinvolto con polmoniti ricorrenti provocate da germi usuali (Streptococcus pneumoniae, Haemofilus influenzae, Stafilococco aureo ecc.), o da opportunisti (Pneumocystis Carinii, Criptococco, Candida, Micobatterio tubercolare, Micobatteri atipici, Cryptosporidium, Istoplasma, Citomegalovirus, Virus erpetici). La polmonite da P. Carinii (PCP) può talora essere accompagnata da una grave forma di insufficienza respiratoria, che può anche richiedere manovre rianimatorie. Il polmone è anche sede di tumori; il più caratteristico è il sarcoma di Kaposi, un tumore ad origine vascolare che può interessare sia la cute che gli organi profondi e che nell'AIDS tende ad avere un atteggiamento invasivo. Caratteristica dell'infezione da HIV pediatrico è la Polmonite interstiziale linfoide (LIP) A carico dell'apparato gastroenterico, si possono riscontrare esofagiti o gastriti da Candida, da Citomegalovirus (CMV), da Herpes simplex; da EBV, da Micobatteri tipici ed atipici, da Cryptosporidium, da Pneumocystis Carinii; neoplasie quali i linfomi o il Sarcoma di Kaposi. Le enteriti possono essere provocate da Criptosporidium, Isospora belli, Microsporidi, Candida, Micobatteri, Giardia lamblia ed altri parassiti, Salmonelle, CMV e HSV. Vi sono poi localizzazioni intestinali anche dei linfomi e del Sarcoma di Kaposi. Anche il fegato e le vie biliari sono colpiti; epatiti granulomatose da micobatteri; da funghi; specie da Criptococco; da virus: CMV, HSV, EBV, da farmaci. Epatiti virali croniche sono spesso presenti in soggetti con infezione da HIV. Il pancreas può anch'esso essere colpito da infezioni opportuniste o da tumori. Cuore, ipofisi, surrene, testicolo, tiroide sono organi variamente coinvolti in corso di AIDS. Sono anche presenti manifestazioni oculari caratteristiche: retiniti da CMV, da micobatteri, da criptococco, da toxoplasma, da candida, da herpes simplex, da histoplasma capsulatum e tumori, quali il sarcoma di Kaposi o il linfoma orbitale di Burkitt. La cute ed il cavo orale sono anch'essi largamente coinvolti: dermatite seborroica, lesioni erpetiche HSV e VZV, mollusco contagioso, criptococcosi, sarcoma di Kaposi, candidosi ecc. Anche a carico dell'apparato emopoietico sono presenti numerose alterazioni, legate a fattori intercorrenti (deficit di folati e vitamina B12 legati alla denutrizione, infezioni opportuniste, lifomi ecc.) o chiamanti in causa direttamente il virus HIV.